Камбаратинская ГЭС-2 эксплуатируется согласно требованиям нормативно-правовых актов КР и проектно-эксплуатационной документации. К особенностям эксплуатации Камбаратинской ГЭС-2 относится компоновка гидроузла (расположение здания ГЭС с отводящим трактом ниже водосбросных сооружений; сложное сопряжение отводящего канала с руслом р. Нарын), отсутствие выше КаГЭС-2 водохранилищ (сезонного и многолетнего регулирования) удерживающих взвешенные наносы р. Нарын.

В связи с этим плотина КаГЭС-2 является единственным гидротехническим сооружением, удерживающим взвешенные наносы.

С начала эксплуатации КаГЭС-2 промывки водохранилища производились согласно Стандарта организации «Положение об организации технического обслуживания и ремонта оборудования, зданий и сооружений электростанций ОАО «ЭС». В целях сокращения сроков останова гидроагрегата и максимального использования рабочей мощности, период промывки водохранилища совмещается с периодом вывода ГА-1 на текущий и капитальный ремонт.

В 2018 году промывка водохранилища КаЭС-2 была также совмещена с периодом капитального ремонта ГА-1 с 17.09.18 г. по 19.10.18 г. Промывка большого объема наносов, относительно предыдущих периодов, и интенсивность, связанная с выше среднемноголетней приточностью, привела к эффективной промывке и как следствие оседанию в отводящем канале большого объема песчано-илистой массы. Данное ситуация также связано с подпором в период накопления Токтогульского водохранилища.

В условиях действующего русла р. Нарын, заиление отводящего канала здания ГЭС происходит в постоянном режиме, особенно в период паводка. По данной проблеме с начала эксплуатации ведется анализ и изыскательские работы для уточнения характера отложений и рельефа сопряжения отводящего тракта с руслом р. Нарын, и выдано задание на разработку специализированных работ по очистке иловых отложений отводящего канала здании ГЭС, сопряженного с руслом р. Нарын, обеспечивающих безопасность гидротехнических сооружений Камбаратинской ГЭС-2. Работы идут непрерывно и закончатся ориентировочно к 27 ноябрю.